Congé maladie : tout ce qu’il faut savoir pour être plus serein

Le congé maladie ordinaire (CMO)

Il s’agit des cas de pathologies mettant l’intéressé dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions mais n’entrant pas dans le cas de longues maladies ou de maladie de longue durée (grippe par exemple). Le droit à congé maladie (CMO) est uniquement conditionné par la présentation d’un avis d’arrêt de travail, établi par le médecin , et transmis dans les 48 heures à l’autorité administrative compétente.

Durée : le congé de maladie ordinaire est limité dans sa durée : un an maximum. Passés 6 mois consécutifs d’arrêt, la prolongation du congé maladie ordinaire est soumise à l’avis du comité médical (départemental).

Rémunération : Les règles sont différentes par rapport au privé, le traitement du fonctionnaire est ,depuis mars 2025 , de 90% du traitement brut ( 90 jours ) primes et indemnités incluses . Les 9 mois suivants, l’agent passe à mi-traitement. Si les primes sont réduites de moitié, certaines indemnités peuvent être maintenues dans leur intégralité, c’est le cas notamment de l’indemnité de résidence et du supplément familial de traitement (SFT) .

les règles de rémunération sont identiques pour les agents contractuels ayant un minimum de 4 mois de service.

Pour les autorisations d’absences, se reporter à l’article de Sgen+.

Pour le jour de carence

Depuis le 1er janvier 2012 un délai de carence d’une journée a été instauré en cas de congé maladie ordinaire pour maladie non professionnelle. Concrètement, le premier jour d’arrêt maladie n’est plus rémunéré, le versement du traitement ne reprend qu’à compter du deuxième jour.

Toutefois le jour de carence ne s’applique pas dans certaines situations : jour de carence dans la fonction publique

Le congé de longue maladie (CLM).

Le fonctionnaire peut être placé en congé de longue maladie (CLM), si, en plus d’être dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions, son état de santé « rend nécessaire un traitement, des soins prolongés et présente un caractère invalidant et de gravité confirmée ». Les cas d’affection ouvrant droit au CLM sont fixés par arrêté ministériel. Il s’agit d’une liste non limitative : le comité médical peut l’accorder pour d’autres maladies.

Procédure pour obtenir un CLM :

• L’agent doit adresser à son administration  :
  • • une demande de CLM
    • Sous pli confidentiel à l’attention du médecin du service médical académique : un certificat médical du médecin traitant et des pièces justificatives
• L’administration soumet cette demande à l’avis du comité médical restreint .
• Le comité médical transmet son avis consultatif à l’administration
• L’administration  communique l’avis du comité médical et sa décision à l’agent . Cet avis et cette décision peuvent faire l’objet d’une contestation devant le comité médical supérieur par l’autorité administrative compétente, soit de son initiative, soit à la demande de l’agent.

Durée : la durée du CLM est limitée à 3 ans. Le congé ne se prend pas systématiquement en continu. Il peut être accordé de manière fractionnée, pour certaines pathologies. Dans ce cas, les 3 années de congés pourront être réparties sur une période de 4 ans.

Rémunération : l’intérêt de ce régime réside dans le niveau de rémunération ; le fonctionnaire conserve l’intégralité de son traitement pendant 1 an, et passe à mi-traitement les 2 années suivantes.

Que se passe-t-il à la fin d’un congé de longue maladie ou de longue durée ?

4 possibilités pour le fonctionnaire qui peut être :

• admis à une période préparatoire au reclassement en vertu des dispositions du décret 84-1051,
• reclassé,
• en disponibilité,
• admis à la retraite.

Dans l’attente de la décision du conseil médical, il ou elle perçoit une allocation qui correspond au montant perçu avant la fin du congé, qui lui demeure acquise quelle que soit l’issue de la procédure.

Quels sont les changements du congé de longue maladie pour les fonctionnaires ?

En gras, les nouveautés.

À compter du 01/09/2024	Rémunération	Indemnités
Pendant la 1ère année du congé	100% du traitement	33% des indemnités* perçues avant le congé
Pendant la 2ème et 3ème année du congé	60% du traitement (50% auparavant)	60% des indemnités* perçues avant le congé

*Pour les enseignants, les HSA (heures supplémentaires année) comptent dans le calcul des indemnités.

 Le congé maladie longue durée (CLD)

Contrairement au cas des congés de longue maladie (CLM), le nombre d’affections ouvrant droit au congé maladie de longue durée (CLD) est limité à cinq :

• la tuberculose
• la maladie mentale
• les affections cancéreuses
• la poliomyélite
• le déficit immunitaire grave et acquis (SIDA).

Ce congé de longue durée fait systématiquement suite à un congé longue maladie : un agent qui aurait une de ces affections, doit d’abord passer 1 an en CLM, avant de basculer dans le régime du CLD. La demande de passage de CLM à CLD est présentée à l’administration et soumise à approbation du comité médical (recours ouvert devant le comité médical supérieur).

Durée : le CLD est accordé ou renouvelé par période de 3 à 6 mois. Il peut être utilisé de manière continue ou fractionnée, mais en aucun cas ne peut excéder 5 ans pour une maladie non-professionnelle (8 ans pour une maladie professionnelle). A noter que, contrairement aux autres catégories de congés, le fonctionnaire ne peut prétendre qu’à un seul CLD par type d’affection , au cours de sa carrière.

Attention : Règlementairement , le bénéficiaire d’un CLD est immédiatement remplacé dans ses fonctions : il perd son poste .Toutefois une négociation est toujours possible . Pour cela contactez nous très rapidement

Rémunération : en cas de CLD, l’agent perçoit l’intégralité de sa rémunération pendant 3 ans, puis la moitié durant 2 ans (sauf indemnité de résidence et supplément familial de traitement, dont il conserve l’intégralité).

Et après, quand est-ce que je pourrai reprendre ?

A l’issue du congé maladie (CMO de plus de 6 mois , CLM ou CLD), la reprise du travail est soumise à l’approbation d’un comité d’experts. En cas d’avis favorable, le fonctionnaire  :

• retrouve son poste d’origine après un CMO ou un CLM .
• réintègre  provisoirement un poste équivalent  au besoin en surnombre. Ce surnombre est résorbé à la première vacance venant à s’ouvrir dans le grade considéré.
• Vous pouvez également demander à passer en mi-temps thérapeutique (vous percevrez dans ce cas l’intégralité de votre rémunération). Voir aussi sur Service-Public.fr.

le congé maladie n’a, en principe, pas d’impact sur sa carrière, son avancement et ses droits à la retraite.

En cas d‘avis défavorable à la reprise

• inaptitude temporaire ou définitive,
• inaptitude partielle ou totale,
• inaptitude d’origine professionnelle (accident de travail, maladie professionnelle) ou d’origine non professionnelle.

3 options sont possibles : s’il est reconnu apte physiquement, il devra être réintégré dans un emploi correspondant à son grade. S’il est jugé inapte, il sera mis à la retraite d’office ( fin de cette disposition en janvier 2027 )  ou licencié . En cas d’inaptitude partielle, une adaptation ou un reclassement doivent être recherchés. Plus de détails 

 

Remboursements des trop-perçus

Attention, quand vous dépassez la période à plein traitement l’administration continue très souvent à vous verser l’intégralité de votre rémunération. Or légalement vous êtes passé à demi traitement. Il faut quelques semaines, voire quelques mois, à l’administration pour procéder aux modifications afin de ne plus vous verser que la moitié de votre salaire. Vous avez ainsi accumulé, sans forcément le réaliser, des trop-perçus qu’il faudra rembourser.

Parfois la situation se complique encore plus : d’une part l’administration vous a passé à demi traitement, et d’autre part, en même temps, elle commence à déduire de votre salaire les trop-perçus sans toujours vous prévenir. Les agents se retrouvent ainsi avec à peine le quart de leur rémunération.

Il est donc très important, alors même que vous avez des problèmes de santé, de prévoir ces difficultés financières. Les assistantes sociales et le CFDT-EFRP peuvent vous informer sur vos droits et vous aider à proposer un échéancier, à demander des reports de remboursements voire des remises gracieuses.

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